MINISTÉRIO DA AGRICULTURA, PECUÁRIA E ABASTECIMENTO
EMBRAPA AGROENERGIA/BRASILIA/DF
Código da UASG: 135004
Pregão Eletrônico Nº 2/2016 - (Decreto Nº 5.450/2005) Objeto: Objeto: Pregão Eletrônico - Contratar empresas especializadas para a realização de serviços de sequenciamento e síntese de oligonucleotídeos e síntese de genes, sequenciamento de bibliotecas de RNA e DNA para projetos de pesquisa dos laboratórios da Embrapa Agroenergia. Edital a partir de: 31/05/2016 das 08:00 às 12:00 Hs e das 13:00 às 17:00 Hs Endereço: Pqe b - Ed. Sede da Embrapa Agroenergia - Asa Norte - BRASÍLIA (DF) Telefone: (0xx61) 34483200 Fax: (0xx61) Entrega da Proposta: 31/05/2016 às 08:00Hs
Itens de Serviços
1 - Ensaio e Análises Químicas Serviço de síntese de genes total baseada nos requisitos individuais ? com tamanho médio de 2000 pares de bases . Sequencia verificada para ser 100% exata. Gene clonado em vetor de clonagem com quantidade mínima de 2 microgramas de DNA plasmidial, liofilizado. Plamídeos acompanhados de sequenciamento da sequencia final, assim como seu alinhamento com a sequencia enviada, cromatograma e mapa do plasmídeo. Tratamento Diferenciado: - Aplicabilidade Decreto 7174: Não Aplicabilidade Margem de Preferência: Não Quantidade: 70000 Unidade de fornecimento: PARES DE BASE
2 - Ensaio e Análises Químicas Síntese de genes total baseada nos requisitos individuais - com tamanhos médios de 2000 pares de bases cada. Sequencia verificada para ser 100% exata. Gene clonado em vetor de EXRESSÃO DE PICHIA PASTORIS com quantidade mínima de 2 microgramas de DNA plasmidial, liofilizado. Plamídeos acompanhados de sequenciamento da sequencia final, assim como seu alinhamento com a sequencia enviada, cromatograma e mapa do plasmídeo. Tratamento Diferenciado: - Aplicabilidade Decreto 7174: Não Aplicabilidade Margem de Preferência: Não Quantidade: 270000 Unidade de fornecimento: PARES DE BASE
3 - Ensaio e Análises Químicas Síntese de oligonucleotídeos (padrão), escala de síntese de 25 nmol, desbloqueados, purificados, dessalinizados e liofilizados. Tratamento Diferenciado: - Aplicabilidade Decreto 7174: Não Aplicabilidade Margem de Preferência: Não Quantidade: 10000 Unidade de fornecimento: BASE
4 - Ensaio e Análises Químicas Serviço de sequenciamento de bibliotecas de RNA. Controle de qualidade das bibliotecas de RNA, redução de RNA ribossomal das mesmas, construção das bibliotecas de cDNA, marcação e sequenciamento das mesmas em plataforma Illumina HiSeq2000 ou superior, do tipo paired-end com reads de pelo menos 150 pares de base. A quantidade de dados gerados deve ser em média 7,5 Gbases por amostra, como no mínimo 80% de bases com qualidade acima de valor equivalente a Phred 20. Deve-se também utilizar a multiplexação sugerida pela fabricante para evitar viéses lane-específicos (erros sistemáticos). Serviço expresso de coleta de amostras e entrega ao fornecedor do serviço. Tratamento Diferenciado: - Aplicabilidade Decreto 7174: Não Aplicabilidade Margem de Preferência: Não Quantidade: 20 Unidade de fornecimento: TRANSCRIPTOMA
5 - Ensaio e Análises Químicas Serviço de sequenciamento de DNA total, a partir de amostras biológicas, utilizando a plataforma Illumina? HiSeq 2000 ou equivalente/superior], incluindo controle de qualidade do DNA, preparo de bibliotecas do tipo paired-end com insertos curtos (acima de 150 pares de base) e reads de pelo menos 100 pares de bases. Os dados gerados devem ter no mínimo 80% de bases com qualidade acima de valor equivalente a Phred 20. Serviço expresso de coleta de amostras e entrega ao fornecedor do serviço. Tratamento Diferenciado: - Aplicabilidade Decreto 7174: Não Aplicabilidade Margem de Preferência: Não Quantidade: 100 Unidade de fornecimento: GPB
6 - Ensaio e Análises Químicas Serviço de sequenciamento de DNA (Segmento de DNA clonados ou na forma de fragmento de PCR) utilizando o método de sequenciamento de Sanger e sequenciadores capilares da Applied Biosystems [O tamanho da sequencia gerada deve ter pelo menos 650 bases com qualidade Phred superior à 20.]. Tratamento Diferenciado: - Aplicabilidade Decreto 7174: Não Aplicabilidade Margem de Preferência: Não Quantidade: 4000 Unidade de fornecimento: REAÇÃO
7 - Ensaio e Análises Químicas Serviço de sequenciamento de DNA total, a partir de amostras biológicas, utilizando a plataforma Illumina? HiSeq2000 ou equivalente/superior, incluindo controle de qualidade do DNA, preparo de bibliotecas do tipo com insertos longos com separação de 2kb a 10kb e sequenciamento tipo ?paired-ends? (?mate-pair?) com ?reads? de pelo menos 150 pares de bases. Os dados gerados devem ter no mínimo 80% de bases com qualidade acima de valor equivalente a Phred 20. Serviço expresso de coleta de amostras e entrega ao fornecedor do serviço. Tratamento Diferenciado: - Aplicabilidade Decreto 7174: Não Aplicabilidade Margem de Preferência: Não Quantidade: 4000 Unidade de fornecimento: GPB
8 - Ensaio e Análises Químicas Serviço de sequenciamento de insertos de DNA clonados em plasmídeo e síntese de oligonucleotídeos para técnica de primer walking. Detalhes: Sequenciamento de DNA a partir de plasmídeos utilizando sequenciador automático com capilares e kit BigDye terminator Cycle Sequencing. A precipitação após reação com BigDye por etanol. Resultado gerado pela empresa contratada: tamanho da sequencia enviada de pelo menos 800 bases com qualidade Phred superior à 20. Os resultados enviados por e-mail / sistema on-line incluindo seguintes arquivos: eletroferograma pdf e ab1, arquivo de texto com a sequencia em fasta, arquivo ab1, arquivo phd.1 e arquivo com resultados preliminares de alinhamento blastx em banco de dados nr. Os oligonucleotídeos utilizados no primer walking, desenhados pelo contratante, mas a sua síntese e utilização na reação de sequenciamento é de inteira responsabilidade da empresa contratada. Tratamento Diferenciado: - Aplicabilidade Decreto 7174: Não Aplicabilidade Margem de Preferência: Não Quantidade: 1000 Unidade de fornecimento: PRIMERS 20 BASES
9 - Ensaio e Análises Químicas Serviço de síntese de genes total baseada nos requisitos individuais ? com tamanho médio de 3000 pares de bases . Sequencia verificada para ser 100% exata. Gene clonado em vetor de clonagem com quantidade mínima de 2 microgramas de DNA plasmidial, liofilizado. Plamídeos acompanhados de sequenciamento da sequencia final, assim como seu alinhamento com a sequencia enviada, cromatograma e mapa do plasmídeo. Tratamento Diferenciado: - Aplicabilidade Decreto 7174: Não Aplicabilidade Margem de Preferência: Não Quantidade: 30 Unidade de fornecimento: UNIDADE
10 - Ensaio e Análises Químicas Controle de qualidade de doze bibliotecas de RNA, redução de RNA ribossomal das mesmas, construção de doze bibliotecas de cDNA, marcação e sequenciamento das mesmas em colunas da plataforma Illumina Myseq ou superior, do tipo paired-end com reads de pelo menos 150 pares de base. A quantidade de dados gerados deve ser em média 7,5 Gbases por amostra, como no mínimo 80% de bases com qualidade acima de valor equivalente a Phred 20. Deve-se também utilizar a multiplexação sugerida pela fabricante para evitar viéses lane-específicos (erros sistemáticos). Serviço expresso de coleta de amostras e entrega ao fornecedor do serviço. Tratamento Diferenciado: - Aplicabilidade Decreto 7174: Não Aplicabilidade Margem de Preferência: Não Quantidade: 4 Unidade de fornecimento: UNIDADE
11 - Ensaio e Análises Químicas Controle de qualidade de DNA total, e sequenciamento em duas estratégias complementares em plataforma Illumina MiSeq ou superior. Na primeira estratégia o sequenciamento de 2x250 pb ?paired-end lane? ou superior da plataforma Ilumina deverá ser empregada. A biblioteca deverá ser construída e sequenciada utilizando tecnologia MiSeq ou superior para gerar dados brutos na ordem de pelo menos 2 Gb, com no mínimo 80% de bases com qualidade acima de valor equivalente a Phred 20. Para a segunda estratégia, uma biblioteca ´mate pair´ com insertos de ~3 kb deverá ser utilizada para obtenção de ?pair ended reads?. Deverão ser obtidos ~ 1,5 Gb de dados brutos na plataforma MiSeq ou superior. Serviço expresso de coleta de amostras e entrega ao fornecedor do serviço. Tratamento Diferenciado: - Aplicabilidade Decreto 7174: Não Aplicabilidade Margem de Preferência: Não Quantidade: 8 Unidade de fornecimento: UNIDADE
12 - Ensaio e Análises Químicas Serviço de sequenciamento de dezoito bibliotecas (três réplicas de seis condições diferentes) de pequenos RNA pequenos RNAs (smallRNAseq) pela abordagem de sequenciamento ´single-end´ de fragmentos de tamanho entre 10 a 40 pares de bases usando plataforma Illumina HiSeq2500. Disponibilizar de serviço para o recebimento das amostras em qualquer dia de semana (incluindo finais de semana), estocagem imediata em condições adequadas (ultrafreezer -80 graus), mantendo-as em estoque para backup de 6 meses. Aceitar que o envio das amostras de pequenos RNAs seja em etanol absoluto, acetato de sódio e Glycoblue (Ambion). Efetuar o controle de qualidade no ato do recebimento das amostras, usando Agilent 2100 Bioanalyzer system. Demandar de uma quantidade de até 10 g (microgramas de pequenos RNAs) de cada amostra para o preparo das bibliotecas. Utilizar o kit TruSeq SBS kit v3 (Illumina) ou versão atual. Concluir o serviço de sequenciamento das 18 bibliotecas em até 60 dias considerando a data de recebimento das amostras aprovados no controle de qualidade. Comprometer-se formalmente que atenderá o serviço solicitado no tempo exigido e que os dados atenderão os critérios de qualidade, disponibilizar feedback sobre o andamento das análises. Tratamento Diferenciado: - Aplicabilidade Decreto 7174: Não Aplicabilidade Margem de Preferência: Não Quantidade: 20 Unidade de fornecimento: TRANSCRIPTOMA
Informações Adicionais do Download O conteúdo deste edital é de inteira responsabilidade do órgão licitante,
e eventuais problemas devem ser tratados com o mesmo.
